Lịch sử Phú Yên kéo dài hơn 500 năm, kể từ cuộc Nam chinh của vua Lê Thánh Tông.

Từ thế kỷ XV đến thế kỷ XVIII

Năm 1471, vua Lê Thánh Tông thống lĩnh 26 vạn quân thủy bộ đi bình Chiêm, hạ được thành Thị Nại và Đồ Bàn, tiến vào đèo Cù Mông, lập nên 3 phủ Thăng Hoa (nay là Quảng Nam), Tư Nghĩa (nay là Quảng Ngãi) và Hoài Nhơn (nay là Bình Định). Còn phần đất từ Cù Mông đến Đèo Cả (tức là Phú Yên ngày nay) là vùng đất Kimi - vùng đệm, tranh chấp giữa người Đại Việt và người Chămpa.

Năm 1578, Nguyễn Hoàng bổ Lương Văn Chánh làm Trấn biên quan. Lương Văn Chánh đem quân đánh quân Chiêm Thành ở Tuy Hòa (Thành Hồ), chiêu tập lưu dân vùng Thuận Quảng vào khẩn hoang, lập ấp từ Cù Mông đến Đèo Cả.

Năm 1611, trước sự quấy phá của Chiêm Thành, Nguyễn Hoàng cử chủ sự Văn Phong đánh vào, chiếm đất, đặt thành phủ Phú Yên, lập 2 huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa. Tên Phú Yên có từ đó. 

Năm 1771, anh em nhà Tây Sơn khởi nghiệp ở vùng Tây Sơn thượng đạo, sau đó mở rộng vùng làm chủ ra Quảng Nam, Phú Yên, Thái Khang,... Từ năm 1773 đến 1801, quân Tây Sơn và quân Chúa Nguyễn nhiều lần giao tranh trên đất Phú Yên.

Từ năm 1801 quân Nguyễn Ánh làm chủ Phú Yên. Nguyễn Ánh đã đặt dinh Phú Yên, lập công đường và cử quan cai trị.

Năm 1802-1808, cấp hành chính Phú Yên gọi là dinh. Từ 1808 đến 1826 gọi là trấn. Năm 1826 đổi tên là phủ Phú Yên. Năm 1831 đổi làm phủ Tuy An cho thuộc vào Bình Định. Năm 1832 thăng làm tỉnh Phú Yên. Năm 1853 đổi làm đạo Phú Yên. Năm 1876 lại đặt là tỉnh Phú Yên (do Tổng đốc Bình Phú thống quản).

Thế kỷ XIX

Cuối thế kỷ XIX, thực dân Pháp đặt ách cai trị tàn khốc lên toàn cõi Việt Nam. Nhân dân Phú Yên dưới sự lãnh đạo của thủ lĩnh Lê Thành Phương (1885-1887), Nguyễn Hào Sự (1890-1892), Võ Trứ và Trần Cao Vân (1898-1900) đã nổi dậy khởi nghĩa, chiến đấu kiên cường và hy sinh anh dũng, góp phần tô thắm trang sử vàng chống ngoại xâm của dân tộc.

Ngày 13/5/1908, phong trào chống sưu thuế nổ ra tại Phú Yên dưới sự lãnh đạo của các sĩ phu yêu nước do ông Nguyễn Hữu Dực và Lê Hanh lãnh đạo. Đây là phong trào đấu tranh chống Pháp công khai có quy mô lớn nhất tại Phú Yên trong ba thập kỷ đầu thế kỷ XX.

Thế kỷ XX

Ngày 05/10/1930, Chi bộ Đảng Cộng sản đầu tiên của Phú Yên được thành lập tại thôn Đồng Bé - La Hai (Đồng Xuân) do đồng chí Phan Lưu Thanh - người Phú Yên đầu tiên đứng vào hàng ngũ của Đảng làm Bí thư. Sự kiện trọng đại này là mốc son chói lọi trong trang sử vàng thế kỷ XX của tỉnh Phú Yên. Từ đó, tổ chức Đảng đã không ngừng lớn mạnh, lãnh đạo nhân dân lập nên những kỳ tích vẻ vang của cách mạng Phú Yên.

Ngày 24/8/1945, dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam và Mặt trận Việt Minh, nhân dân Phú Yên vùng lên khởi nghĩa giành chính quyền về tay nhân dân, phá tung gông xiềng 80 năm nô lệ, thoát khỏi ách áp bức của đế quốc, thực dân phong kiến.

Sau khi giành được chính quyền, Tỉnh ủy lâm thời chỉ đạo việc xây dựng và củng cố chính quyền các cấp. Ngày 06/1/1946, cử tri Phú Yên tham gia bầu cử Quốc hội. Tháng 3/1946, cử tri bầu cử Hội đồng nhân dân tỉnh khóa đầu tiên. Chính quyền cách mạng mới thành lập, công việc rất mới mẻ nhưng nhờ có chủ trương đúng đắn, hợp lòng dân của Đảng nên được nhân dân hưởng ứng thực hiện.

Thực dân Pháp trở lại xâm lược Việt Nam một lần nữa. Ngày 13/1/1947, quân dân Phú Yên hưởng ứng lời kêu gọi “Toàn quốc kháng chiến” của Chủ tịch Hồ Chí Minh, giáng trả và đẩy lùi cuộc tiến công quy mô của giặc Pháp từ đèo Cả đánh ra, giữ vững vùng tự do Phú Yên. Ngày 05/12/1950, sau bốn năm chiếm đóng, bị quân ta vây hãm liên tục, giặc Pháp buộc phải tháo chạy khỏi cứ điểm núi Hiềm (thuộc xã Hòa Xuân Đông, huyện Đông Hòa, tỉnh Phú Yên ngày nay).

Từ ngày 20/1/1954 đến tháng 6/1954, quân dân Phú Yên đập tan chiến dịch Át-Lăng của giặc Pháp, chia lửa cùng chiến trường chính Điện Biên Phủ.

Sau năm 1954, Phú Yên bị đặt dưới sự quản lý của chế độ ngụy quyền Việt Nam Cộng Hòa. Trong thời kì này nổ ra rất nhiều cuộc tấn công của quân dân Phú Yên nhằm lật đổ chính quyền ngụy quyền Việt Nam Cộng Hòa.

Vượt qua thời kỳ đen tối những năm 1954-1959, Đảng bộ Phú Yên đã lãnh đạo nhân dân trong tỉnh vùng dậy giải phóng miền núi, đồng khởi ở đồng bằng, đánh bại chiến lược "chiến tranh đặc biệt", giải phóng toàn bộ vùng nông thôn rộng lớn, dồn địch trong 8 cụm cứ điểm, tạo nên thời kỳ nhân dân làm chủ có chính quyền 2 năm (1964-1965).

Trong những năm đế quốc Mỹ leo thang gây “Chiến tranh cục bộ”, quân dân Phú Yên đã đánh bại một trong năm mũi tên của cuộc phản công chiến lược mùa khô thứ nhất, diệt nhiều giặc Mỹ ở địa đạo Gò Thì Thùng, nhiều Mỹ - Ngụy ở thị xã Tuy Hòa và nhiều lính đánh thuê Nam Triều Tiên trong và sau Tết Mậu Thân. Trong những năm đế quốc Mỹ tiến hành chiến lược “Việt Nam hóa chiến tranh” quân và dân Phú Yên đã đánh bại chiến lược “Bình định nông thôn” của địch, mở rộng vùng giải phóng trong thời điểm trước khi ký hiệp định Pari. Sau đó đánh bại Mỹ - Ngụy trên địa bàn Tỉnh, phối hợp kịp thời và có hiệu quả với quân chủ lực làm tan rã, bắt sống trên 2 vạn quân ngụy từ Tây Nguyên rút xuống, thu toàn bộ vũ khí, quân trang, quân dụng làm thất bại hoàn toàn âm mưu co cụm lực lượng về giữ đồng bằng để tổ chức phản công chiếm lại Tây Nguyên của địch, giải phóng hoàn toàn tỉnh Phú Yên vào ngày 01/4/1975.

Sau khi đất nước thống nhất

Sau khi Phú Yên hoàn toàn giải phóng, dưới sự lãnh đạo của Đảng bộ, cuộc sống nhân dân được ổn định, chính quyền được xây dựng, Mặt trận và các tổ chức đoàn thể chính trị được củng cố, nhân dân Phú Yên cùng nhân dân cả nước ra sức thực hiện xây dựng chặng đường đầu của thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội, đưa đất nước vượt ra khỏi khủng hoảng kinh tế - xã hội, đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa vì mục tiêu dân giàu, nước mạnh, xã hội dân chủ, công bằng văn minh.